De raad van bestuur van het agentschap is samengesteld uit 18 leden, benoemd door de Vlaamse Regering.
De raad van bestuur telt twaalf stemgerechtigde leden waarvan:
- drie vertegenwoordigers van inrichtende machten van het gesubsidieerd vrij onderwijs:
- De heer Wilfried Van Rompaey (voorzitter)
- Mevrouw Katrien De Veuster ;
- De heer Dirk Vanstappen.
- drie vertegenwoordigers van inrichtende machten van het gesubsidieerd officieel onderwijs
- De heer Dries Naulaers;
- De heer Geert Gabriëls;
- De heer Dirk Debroey.
- twee leden als vertegenwoordiger van de leerlingenkoepel
- Mevrouw Eva Perremans;
- De heer Jesse Verleije.
- één lid die de ouderkoepel vertegenwoordigt: mevrouw Hannelore Lambrighs
- twee leden die het onderwijspersoneel vertegenwoordigen:
- Mevrouw Nancy Libert;
- Mevrouw Ann Huybrechts.
- Jean Eliaerts, de afgevaardigd bestuurder van AGION
In de raad van bestuur zetelen ook twee vertegenwoordigers van de Vlaamse Regering
- één op voordracht van de minister bevoegd voor Financiën en Begroting: de heer Bavo Smits;
- één op voordracht van de minister bevoegd voor Onderwijs: de heer Dries Verhaeghe.
Daarnaast nog drie experts voor advies en raad
- Mevrouw Griet Pitteljon van het Vlaams Agentschap voor Personen met een Handicap;
- Mevrouw Anne Malliet van de Vlaams Bouwmeester;
- De heer Frederik Christiaens van het Vlaams Energiebedrijf.
De secretaris van de raad van bestuur is de heer Nick Spriet.