Om zijn opdracht te kunnen vervullen, ontvangt AGION jaarlijks machtigingen van de Vlaamse Regering.
In 2023 beschikt AGION voor het gesubsidieerd onderwijs over de volgende machtigingen:
Daarnaast beschikt AGION over 98,938 miljoen euro voor het toekennen van energieleningen en 22,100 miljoen euro uit het klimaatfonds voor het uitvoeren van de klimaatacties voor onderwijs (deze middelen zijn ook inzetbaar in de komende jaren).