Voor het basisonderwijs (gewoon en buitengewoon) en de onderwijsinternaten waar internen uit het basisonderwijs verblijven, bedraagt de subsidie 70% van de subsidiabele kostprijs, voor het secundair onderwijs, onderwijsinternaten, centra voor volwassenenonderwijs en CLB’s is de subsidie 60% van de subsidiabele kostprijs.
Bij het berekenen van het subsidiebedrag voor infrastructuurwerken houdt AGION rekening met de btw en een forfait van 10% voor algemene onkosten.
Bij subsidieaanvragen voor de aankoop van infrastructuur kunnen enkel de notariskosten in aanmerking komen voor subsidie, geen btw of algemene onkosten.
Voor het niet door subsidie gedekte deel (30 of 40%) van de subsidiabele kostprijs, kan een inrichtende macht van het vrij gesubsidieerd onderwijs een lening aangaan die door de Vlaamse overheid gewaarborgd wordt.